Pada akhir abad ke-19, ketika masa-masa kejam periode Bakumatsu berakhir, era Meiji yang baru menandai zaman restorasi bagi Jepang. Setelah perang usai, pahlawan terkenal Hitokiri Battousai menghilang tanpa jejak, hanya menyisakan legendanya. Bertahun-tahun kemudian, seorang pengembara biasa bernama Kenshin Himura bertemu dengan Kaoru Kamiya, pemilik dojo lokal yang sedang berjuang di Tokyo. Kaoru mengejar seorang yang mengaku sebagai Battousai yang berkeliaran di jalanan, membunuh warga sipil dan petugas polisi tanpa pandang bulu. Lebih jauh lagi, pendekar tersebut mengaku menggunakan Kamiya Kasshin-ryu—gaya pedang yang dikembangkan oleh ayah Kaoru yang berakar kuat pada esensi kehidupan, bukan kematian. Kenshin memutuskan untuk membantu Kaoru mengalahkan penipu tersebut dan memulihkan dojo ayahnya. Tanpa sepengetahuan semua orang, Kenshin bukanlah orang lain selain pendekar sejati yang namanya masih menakutkan orang-orang. Meskipun Kaoru akhirnya mengetahui kebenaran, sumpah Kenshin untuk menebus masa lalunya yang penuh pembunuhan dengan melindungi yang lemah tanpa pertumpahan darah menyentuh hatinya, dan dia menyambut Kenshin untuk tinggal di dojonya. Namun, cita-cita Kenshin segera diuji oleh hantu masa lalu dan musuh masa kini.