Lima belas tahun setelah peristiwa dahsyat yang dikenal sebagai Dampak Kedua, dunia menghadapi ancaman baru: makhluk surgawi mengerikan yang disebut Malaikat menyerbu Tokyo-3 satu per satu. Umat manusia tidak mampu membela diri melawan Malaikat meskipun menggunakan amunisi dan taktik militer tercanggih mereka. Satu-satunya harapan keselamatan manusia terletak di tangan NERV, sebuah organisasi misterius yang dipimpin oleh Gendou Ikari yang dingin. NERV mengoperasikan robot humanoid raksasa yang dijuluki "Evangelion" untuk melawan Malaikat dengan persenjataan canggih mutakhir dan penghalang pelindung yang dikenal sebagai Medan Teror Mutlak. Bertahun-tahun setelah ditinggalkan oleh ayahnya, Shinji Ikari, putra Gendou yang berusia 14 tahun, kembali ke Tokyo-3. Shinji mengalami pertempuran batin yang terus-menerus melawan trauma yang terkubur dalam akibat kehilangan ibunya dan pengabaian emosional yang dideritanya di tangan ayahnya. Karena takut membuka diri kepada orang lain, kehidupan Shinji berubah selamanya setelah bertemu dengan Misato Katsuragi, seorang perwira NERV berpangkat tinggi berusia 29 tahun yang menunjukkan kepadanya kebaikan keibuan yang belum pernah ia alami sebelumnya. Serangan Malaikat yang dahsyat memaksa Shinji untuk bertindak ketika Gendou mengungkapkan motif sebenarnya untuk mengundang putranya kembali ke Tokyo-3: Shinji adalah satu-satunya anak yang mampu mengemudikan Evangelion Unit-01 secara efisien, robot baru yang sinkron dengan biometriknya. Terlepas dari trauma psikologis brutal yang disebabkan oleh mengemudikan Evangelion, Shinji membela Tokyo-3 dari ancaman malaikat, tanpa menyadari rencana jahat ayahnya.