Setelah lima tahun memendam perasaan yang tak terucapkan, Taiju Ooki, seorang siswa SMA, akhirnya siap untuk menyatakan cintanya kepada Yuzuriha Ogawa. Namun, tepat ketika Taiju memulai pengakuannya, cahaya hijau menyilaukan menghantam Bumi dan membatu umat manusia di seluruh dunia—mengubah setiap manusia menjadi batu. Beberapa milenium kemudian, Taiju terbangun dan mendapati dunia modern telah lenyap sepenuhnya, karena alam telah berkembang pesat selama bertahun-tahun umat manusia terhenti. Di antara dunia batu yang dipenuhi patung, Taiju bertemu dengan satu manusia hidup lainnya: temannya yang mencintai sains, Senkuu, yang telah aktif selama beberapa bulan. Taiju mengetahui bahwa Senkuu telah mengembangkan rencana besar—untuk meluncurkan kebangkitan peradaban sepenuhnya dengan sains. Kekuatan fisik Taiju dan kecerdasan Senkuu bergabung untuk membentuk kemitraan yang tangguh, dan mereka segera menemukan metode untuk menghidupkan kembali mereka yang membatu. Namun, rencana utama Senkuu terancam ketika ideologinya ditantang oleh mereka yang terbangun. Sementara itu, alasan pembatuan umat manusia tetap tidak diketahui.