Jirou Azuma, seorang remaja berusia tujuh belas tahun, menjalani kehidupan yang tenang bersama kakeknya, memanfaatkan kemampuan supranaturalnya untuk berbicara dengan hewan guna berteman dan melindungi mereka. Baik Jirou maupun kakeknya adalah keturunan klan shinobi yang telah lama berdiri, berlatih pertempuran untuk menjaga seni bertarung tetap hidup dalam keluarga mereka. Kehidupan Jirou berubah drastis setelah menyelamatkan seekor kucing hitam yang tampak normal, Ragou, hanya untuk menemukan bahwa kucing itu sebenarnya adalah mononoke—roh iblis yang telah lama berperang dengan umat manusia. Ketika seekor mononoke yang bermusuhan datang mencari Ragou, Jirou menggunakan pelatihan shinobinya untuk membela kucing itu, tetapi langsung menderita luka fatal. Dihadapkan pada keputusan apakah akan menyerap energi Jirou yang semakin menipis dan memulihkan dirinya sepenuhnya, Ragou malah memilih untuk memberikan energi yang tersisa kepada Jirou. Dengan menghidupkan kembali bocah itu, transfer energi tersebut juga memberinya kekuatan supranatural yang besar yang melengkapi gaya bertarung shinobinya sendiri. Peristiwa ini disaksikan oleh Ryousuke Shiba, seorang petugas di Biro Spionase yang pekerjaannya berpusat pada penanganan mononoke agresif. Shiba menawarkan Jirou dan kakeknya sebuah tawaran: untuk bergabung dengan pasukan baru Biro, Black Torch, dan membantu mereka melawan mononoke kuat yang berusaha memangsa orang-orang tak berdosa.