Sekembalinya dari liburan musim panas, para siswa Kelas 3-E di Sekolah Menengah Kunugigaoka yang bergengsi mendapati diri mereka menghadapi rintangan yang tak terkalahkan. Dihadapkan dengan kemungkinan kehancuran dunia, para siswa harus menemukan cara yang semakin rumit dan kreatif untuk membunuh guru mereka, Koro-sensei yang licik namun optimis dan suka membantu. Namun, melenyapkan Koro-sensei bukanlah satu-satunya tujuan yang perlu dikhawatirkan para siswa. Gakuhou Asano, kepala sekolah akademi yang kejam dan tak kenal ampun, berusaha mencegah keberhasilan Kelas 3-E dengan mencuci otak murid-muridnya yang rajin lainnya menjadi mesin belajar yang sangat kompetitif. Permusuhan mulai membayangi di udara ketika para pengkhianat dan pembunuh sama-sama berusaha mengklaim hadiah atas kepala Koro-sensei untuk diri mereka sendiri. Nagisa Shiota, salah satu pembunuh bayaran paling terampil di Kelas 3-E, mendapati dirinya berada di tengah konflik tersebut. Sementara ia berupaya mempertahankan prestasi akademiknya dan mencegah akhir dunia, urusan rumah tangga membahayakan posisinya di Kelas 3-E. Bersama dengan teman-teman sekelasnya yang berdedikasi, dia sekarang harus menghadapi ancaman tersebut secara langsung.